Функции пед деятельности: ФУНКЦИИ ПЕДАГОГИЧЕСКОЙ ДЕЯТЕЛЬНОСТИ — Студопедия

сущность, структура, функции — Студопедия

Педагогическая деятельность – это особый вид социальной деятельности, направленный на передачу от старших поколений младшим культурно-исторического опыта, создание условий для их личностного развития и подготовку к выполнению определенных социальных ролей в обществе.

Педагогическая деятельность может быть: профессиональной и непрофессиональной.

Непрофессиональную педагогическую деятельность выполняют: родители, общественные организации, руководители предприятий и учреждений, учебные, производственные и другие группы, в известной степени СМИ.

Профессиональная педагогическая деятельность – вид профессиональной деятельности, содержанием которой является воспитание, обучение, развитие обучающихся.

Структуру педагогической деятельности можно представить как единство субъекта и объекта педагогической деятельности, их потребностей, целей, мотивов, методов и средств педагогической деятельности, педагогических действий (операций), предмета и результата (продукта) педагогической деятельности, оценки результата и корректирующих педагогических действий.

Структурные компоненты педагогической деятельности:гностический, проектировочный, конструктивный, организаторский, коммуникативный:

1. Гностическая деятельность – деятельность по изучению, исследованию (диагностированию) педагогических объектов и явлений.

2. Проектировочная деятельность – постановка целей обучения и воспитания. Определение стратегий и способов их достижения.

3. Конструктивная деятельность – отбор учебного материала, планирование и построение педагогического процесса;

4. Организаторская деятельность – выполнение системы действий, направленных на включение учащихся в различные виды деятельности, формирование коллектива, а также на организацию собственной деятельности.

5. Коммуникативная деятельность направлена на установление педагогически целесообразных отношений учителя с воспитанником. Другими педагогами школы, родителями и т.д..

Вопрос №29.Понятие «педагогическая деятельность», ее структура, специфика, мотивы

1. Сущность педагогической деятельности

Педагогическая деятельность — это целенаправленное, мотивированное воздействие педагога, ориентированное на всестороннее развитие личности ребенка и подготовку его к жизни в современных социокультурных условиях.

В основе педагогической деятельности лежат закономерности практики воспитания. Педагогическая деятельность реализуется в образовательных организациях и осуществляется специально подготовленными и обученными людьми — педагогами.

Характер и содержание педагогической деятельности определяется ее предметом, мотивами, целью, средствами и результатом.

Цель педагогической деятельности — создание условий для осуществления перспектив развития ребенка как объекта и субъекта воспитания. Реализация данной цели выступает результатом педагогической деятельности, который диагностируется сопоставлением качеств личности ребенка в начале педагогического воздействия и по его завершению.

Предметом педагогической деятельности является организация взаимодействия с воспитанниками, направленного на освоение социокультурного опыта как основы и условия развития.

В педагогической деятельности выделяются как внешние, так и внутренние мотивы. К внешним относят мотивы личностного и профессионального роста(1) позицию семьи; 2) позицию сверстников; 3) позицию педагогов; 4)притязание на общественное признание;) , к внутренним — доминирование, гуманистическую и просоциальную направленность(4) личные профессиональные и жизненные планы; 5) способности и их проявления; 7) информированность о той или иной профессиональной деятельности; 8) склонности.).

Средствами педагогической деятельности выступают: теоретические и практические знания, на основе которых осуществляется обучение и воспитание детей; учебная и методическая литература; наглядности.

Способами передачи опыта общественного поведения и взаимодействия в педагогической деятельности являются объяснение, демонстрация, наблюдение, игра, совместный труд.

Структура пед.деят-ти.Начальный компонент педагогической деятельности — знание педагогом потребностей, тенденций общественного развития, основных требований, предъявляемых к человеку.

Второй компонент педагогической деятельности — многообразные научные знания, умения, навыки (ЗУН), накопленные человеком в области производства, культуры, общественных отношений, которые в обобщенном виде передаются подрастающим поколениям. В результате освоения этих основ у человека формируется осознанное отношение к жизни — мировоззрение.

Третий компонент педагогической деятельности — собственно педагогические знания, воспитательный опыт, мастерство, интуиция.

Четвертый компонент педагогической деятельности — высочайшая гражданская, нравственная, эстетическая, экологическая и др. культура ее носителя.

Профессор Н.В. Кузьмина в структуру педагогической деятельности включает следующие компоненты, рассматривая педагогическую деятельность как цикл этапов педагогического управления:

— гностический;

— проектировочно-целевой;

— конструктивный;

— организационный;

— коммуникативный.

Б. Т. Лихачев выделяет следующие структурные компоненты педагогической деятельности:

— знание педагогом потребности, тенденций общественного развития, основных требований, предъявляемых к человеку;

— научные знания, умения и навыки, основы опыта, накопленного человечеством в области производства, культуры, общественных отношений, которые в обобщенном виде передаются подрастающим поколениям;

— педагогические знания, воспитательный опыт, мастерство, интуиция;

— высочайшая нравственная, эстетическая культура ее носителя.

2. Основные функции педагогической деятельности

В педагогической литературы рассматриваются следующие функции педагогической деятельности.

Функция развивающая является ведущей в деятельности педагога. Она сама объединяет ряд функций:

— гностическую (познавательную), включающую умения накапливать необходимые знания, работать с литературой, осваивать средства воспитательного воздействия и т. д.;

— исследовательскую, включающую умения определять проблему для обсуждения и исследования, анализировать научную литературу, выдвигать гипотезы и задачи исследования, проблемно ставить вопросы и т. д.;

— информационную, включающую умения пользоваться речевой выразительностью, точно, кратко, логично излагать материал и добиваться понимания, пользоваться различными методами изложения, активизировать детей в процессе усвоения материала и т. д.;

— побудительную, включающую умения возбуждать интерес, внимание, побуждать к активности, переводить знания в практические действия, оценивать деятельность, поступки, закреплять знания и умения детей в соответствии с возрастом и т. д.

Конструктивно-организаторская функция направлена на организацию педагогического процесса, обеспечивающую его эффективность. Она включает в себя ряд умений: планировать педагогический процесс, подбирать материал, методы, приемы.

Диагностическая функция направлена на определение состояния воспитуемых и педагогического процесса в целях определения правильной стратегии и тактики воспитательно-образовательной работы. Она включает умения определять особенности физического и психического состояния детей и учитывать это в собственной деятельности.

Координирующая функция направлена на объединение и согласование содержания и направленности педагогических воздействий на ребенка осуществляемых в системе общественного и семейного воспитания. Она предполагает умения: устанавливать деловые контакты с родителями и коллегами, участвовать в педагогическом просвещении родителей, раскрывать им содержание, методы общественного воспитания, побуждать родителей к активному участию в работе ДОУ и т. д.

Коммуникативная функция требует от педагога высоких нравственных качеств и черт характера, проявляющихся в умении быть в общении с детьми всегда доброжелательным, тактичным, приветливым и вежливым.

Материнская функция проявляется в обеспечении положительного эмоционального состояния ребенка, в охране жизни и здоровья, доверенных педагогу детей, в обеспечении их нормального психического и физического развития.

Преобразовательная функция требует от педагога проявления творческого подхода к организации учебно-воспитательного процесса.

Функции профессионально-педагогической деятельности

Смысл
и значение любой деятельности можно
по­нять, лишь рассматривая ее сквозь
призму объектив­но данных общественных
функций. «Поскольку ин­дивидуальная
деятельность есть лишь составная часть
деятельности общества, — указывает Б.
Ф. Ло­мов, — ясно, что и анализ ее должен
начинаться… с изучения функций этой
индивидуальной деятельно­сти в
системе общественной жизни» К
Отсюда
вытека­ет значимость функционального
анализа деятельно­сти для понимания
ее социальной обусловленности.

Под
функцией понимается однородная по
содер­жанию группа устойчиво
повторяющихся видов дея­тельности,
выполнение которых характерно для
дан­ной категории профессионально-педагогических
ра­ботников.

В
социально-психологических исследованиях
от­четливо прослеживается тенденция
группировки функций на основе анализа
содержания деятельно­сти и этапов
ее осуществления. Функции, выделяе­мые
по содержательному принципу, определяются
целями деятельности. К ним относятся
обучающая, воспитывающая и развивающая
функции. Они обла­дают общей структурой,
состоят из следующих ком­понентов:
педагогических целей и задач,
педагогиче­ского взаимодействия
(общения), а также контроля и оценки
способов учения и преподавания.

На
основе изучения педагогической
деятельности педагогов профессиональной
школы было выделено две группы функций:
целевые и операциональные. К целевым
относятся функции реализации, которые
направлены на достижение главной
профессиональ­ной цели — обучения
профессии и становления лич-

¹
Ломов Б. Ф. Указ.
соч. — С. 9.

ности
специалиста, т. е. обучающая, воспитываю­щая,
развивающая и мотивирующая функции.
Их осуществление обеспечивается
системой операцио­нальных функций:
конструкторской, организатор­ской,
гностической, коммуникативной и
производ­ственно-технологической.
Первые четыре характер­ны для педагога
любого учебного заведения, послед­няя
— лишь для педагога профессиональной
школы, она и составляет своеобразие
профессионально-пе­дагогического
труда.

Охарактеризуем
эти функции.

Обучающая
функция является
одной из ведущих в деятельности
педагогов. Ее смысл состоит в форми­ровании
у обучаемых системы профессиональных
знаний, умений и навыков. Обучающие
функции ма­стера и преподавателя
специализированы и имеют общую целевую
направленность. Деятельность
пре­подавателей, общепрофессионального
цикла направ­лена в основном на
формирование профессиональ­но-технологических
знаний и умений, составляю­щих
теоретическую базу для практического
освоения профессий. Значимость обучающей
функции препо­давателя возрастает
в условиях научно-технической революции.
Обучающая функция мастера производ­ственного
обучения заключается в формировании
у учащихся профессиональных умений и
навыков. Вы­полнение этой функции
требует от мастера высокой рабочей
квалификации. В связи с переводом
профес­сиональной школы на подготовку
высококвалифи­цированных рабочих
широкого профиля, а также по сгруппированным
профессиям значение рабочей квалификации
в реализации обучающей функции
возрастает.

Воспитывающая
функция педагогических
работни­ков заключается в
социально-профессиональном воспитании
учащихся. Рассматривая эту функцию,
исследователи, как правило, сводят ее
к социаль­но-политическому,
нравственному, трудовому, эсте­тическому
и физическому совершенствованию
уча­щихся. Такой подход, на наш взгляд,
неправомерен. Конечно, мастера и
преподаватели занимаются все­ми
этими формами воспитания. Но главное
в их вос­питательной работе — это
формирование профессио­нальной
направленности личности учащихся:
по­требности в профессиональном
труде, устойчивых положительных мотивов
труда, склонности и интере­са к
профессиональной деятельности.

Развивающая
функция состоит
в психическом раз­витии личности
учащихся: их сенсомоторной, интел­лектуальной
и эмоционально-волевой сферы. Значе­ние
этой функции обусловливается двумя
фактора­ми. Во-первых, среди учащихся
профессиональной школы немало
педагогически запущенных подрост­ков.
Отсутствие учебно-познавательных
мотивов и интереса к учению отрицательно
сказывается на раз­витии у них основных
психических процессов — памя­ти и
мышления. Трудновоспитуемость подростков
за­частую обусловлена отклонениями
в эмоциональ­но-волевой сфере. Перед
педагогами стоит сложная задача не
только психического развития, но и его
кор­рекции у части учащихся. Вторым
фактором является формирование
профессионально важных свойств и
ключевых квалификаций. Для каждой
профессии эти качества и квалификации
специфичны. Их развитие -залог успешного
освоения профессиональной деятель­ности,
подготовки конкурентоспособного и
профес­сионально мобильного
специалиста.

Следующую
группу функций целесообразно вы­делить
на основании последовательности этапов
профессионально-педагогической
деятельности. В нее входят методическая,
производственно-тех­нологическая,
организаторская, диагностическая
функции.

Методическая
функция направлена
на подготовку, обеспечение и анализ
учебно-воспитательного про­цесса.
Правомерность выделения методической
фун­кции обусловлена особенностями
педагогической деятельности мастера
и преподавателя. Централизо­ванное
учебно-методическое оснащение учебного
процесса невозможно из-за огромного
числа сущест­вующих профессий. Поэтому
педагоги, осуществля­ющие профессиональное
обучение, должны само­стоятельно
отбирать научно-техническую информа­цию,
методически ее перерабатывать,
трансформи­ровать в учебный материал,
планировать его, выби­рать эффективные
средства обучения. Удельный вес этой
работы в профессиональной школе
значительно больше, чем в общеобразовательной.
Многие препо­даватели и мастера
являются проектировщиками учебного
процесса по своему предмету.

Эта
функция предполагает также осмысление
эффективности форм, методов и средств
педагоги­ческого воздействия,
учебно-воспитательного про­цесса.
Методическая функция порождает у
педаго­гов постоянное стремление к
совершенствованию профессиональной
деятельности, выработке инди­видуального
стиля ее выполнения, способствует
пе­реходу от репродуктивной деятельности
к эвристи­ческой и творческой.
Особенности этой функции инициируют
инновационную деятельность.

Специфической
функцией, характерной для пе­дагогов
профессиональной школы, является
произ­водственно-технологическая.
Впервые
эта функция как самостоятельная была
выделена Г. А. Карповой¹
с

‘
См.: Зборовский
Г. Е. Инженер-педагог:
образ жизни и профес­сиональная
деятельность / Г.
Е. Зборовский, Г. А. Карпова. — Свердловск,
1983. — С. 34.

учетом
того, что основой профессиональной
подго­товки является общественно
полезный и производи­тельный труд,
насыщенный технологическими и
тех­ническими средствами производства.

Что
же представляет собой эта функция? В
труде мастера производственного
обучения она сводится к выполнению
таких видов работ, как несложный ре­монт,
наладка и настройка производственно-техни­ческих
средств, разработка технической и
технологи­ческой документации,
руководство техническим творчеством
учащихся, выполнение производствен­ных
работ, требующих высокой квалификации
при изготовлении сложной продукции.
Производствен­но-технологическая
функция преподавателя заклю­чается
в наладке учебно-демонстрационного
обору­дования, выполнении
расчетно-аналитических ра­бот,
рационализаторстве, демонстрации
рабочих приемов и операций в процессе
теоретического обу­чения.

Производственно-технологическая
деятельность мастера и преподавателя
выступает как сложный, комплексный вид
труда, объединяющий труд инже­нера,
технолога и методиста. Выполнение этой
функ­ции занимает у педагогов
профессиональной школы достаточно
заметное место при планировании и
под­готовке уроков, оборудовании
кабинетов и мастер­ских, знакомстве
с научно-технической информа­цией,
участии в научно-технических обществах,
ру­ководстве техническим творчеством.

Организаторская
функция реализуется
в ходе про­фессионально-образовательного
процесса и воспи­тательной работы.
Она осуществляется при проведе­нии
уроков, организации познавательной
деятель­ности учащихся, управлении
коллективом группы во внеучебное время,
организации режима труда и отдыха
учащихся, общественно полезного труда,
ру­ководстве научно-техническим
творчеством уча­щихся.

Одной
из важных функций педагогов является
диагностическая. Выделение диагностической
фун­кции в деятельности педагога
профессиональной школы обусловливается
следующими моментами:

• контингент
  учащихся профессиональных учи­лищ
  формируется из числа выпускников
  основной и полной средней школы. В
  средней школе познание учащегося
  ведется на основе длительного наблюде­ния
  за ним в ходе учебно-воспитательного
  процесса, основательного изучения его
  развития в семье, его социального
  окружения. В профессиональной школе
  постепенное накопление сведений об
  учащемся не­возможно. Это обусловлено
  коротким сроком обуче­ния. Следовательно,
  педагог психологически должен быть
  более компетентным, чем его коллега в
  школе;

• в
  профессиональных училищах выше, чем
  в школе, процент подростков с разного
  рода отклоне­ниями в психике,
  «трудных». Для осуществления
  пе­дагогического процесса мастеру,
  преподавателю не­обходимы и специальные
  знания, и владение не­сложными, но
  оперативными методами диагностики
  деформации психического развития;

• у
  многих учащихся не сформированы
  познава­тельные потребности, способы
  учебных действий. Они пришли в училище,
  чтобы получить профессию, а не учиться.
  Школа потому и рассталась с ними, что
  они не хотели или не могли уже учиться.
  Педагог дол­жен поставить диагноз
  такому учащемуся, выявить причину его
  «жизнерадостно-наплевательского»
  от­ношения к учебе.

Таким
образом, анализ профессиональной
дея­тельности мастеров производственного
обучения и преподавателей позволяет
выделить три функ­ции-цели: обучающую,
воспитывающую, развиваю­щую — и
четыре функции-операции: методическую,
производственно-техническую,
организаторскую и диагностическую.

Первая
группа функций является ведущей, вторая
выступает как общественно выработанные
способы достижения целевых функций. В
реальной педагоги­ческой деятельности
все семь рассмотренных функ­ций тесно
переплетены, взаимосвязаны, что приво­дит
к обогащению каждой функции в отдельности
и всей деятельности в целом.

Содержание
профессионально-педагогической
деятельности

Введение
в практику работы профессиональной
школы личностно ориентированного
образования во многом зависит от
личности педагога. Очевидно, что на
современном этапе утверждения новой
парадигмы будут востребованы
педагоги-инноваторы, не только обладающие
высоким профессионализмом, но и склонные
к инновационным поискам и проявлению
сверхнормативной профессиональной
активности.

Чтобы
определить основные психологические
ха­рактеристики педагога личностно
ориентированного профессионального
образования, необходимо преж­де всего
проанализировать его
профессионально-пе­дагогическую
деятельность.

Профессионально-педагогическая
деятель­ность — это интегративная
деятельность, включаю­щая психологический,
педагогический и производ­ственно-технологический
компоненты. Ее основной целью выступает
обучение профессии и профессио­нальное
развитие личности обучаемых. Предметом
деятельности является процесс личностно
ориенти­рованного образования. Именно
подготовке и повы­шению квалификации,
профессиональному росту и карьере
специалиста подчинен
профессиональ­но-образовательный
процесс, который детермини­рует
совместный, взаимообусловленный
характер де­ятельности обучаемых и
педагогов. Рассматривая пе­дагогическую
деятельность как процесс управления,
социальные психологи и педагоги В. И.
Гинецинский, Я. Л. Коломинский, А. А.
Реан, В. Д. Ширшов и др. подчеркивают,
что ее главными составляющими ста­новятся
процессы межличностного взаимодействия.

Результатом
профессионально-педагогической
деятельности являются функциональные
продукты деятельности: дидактические
проекты (уроки, заня­тия, педагогические
технологии, оборудование, тех­нические
устройства и т. п.) и психологические
про­дукты деятельности (индивидуальный
опыт, психо­логические новообразования,
развитие способно­стей и т. д.). Главным
результатом деятельности явля­ется
профессиональное развитие личности.

Анализ
работ, посвященных исследованию
дея­тельности педагогов профессиональной
школы (Я. В.
Кузьмина, А. К Маркова, Л. М. Митина, В.
А. Сластенин, С. Д. Смирнов, М. И. Станкин,
P.
X.
Шакуров, В. А. Якунин и др.), позволил
выделить три уровня обобщения
профессионально-педагоги­ческой
деятельности. Наиболее высокий уровень
обобщения, объединяющий цель и предмет
деятель­ности, — вид деятельности. В
зависимости от цели и предмета
профессионально-педагогической
деятель­ности нами были выделены
семь видов деятельности:

• диагностика
  профессиональной направленно­сти,
  обучаемости, обученности и воспитанности,-

• проектировочная
  деятельность, предваряющая
  профессионально-образовательный
  процесс;

• личностно
  ориентированное профессиональ­ное
  обучение;

• социально-профессиональное
воспитание;

• внеучебная
  культурно-бытовая воспитательная
  работа; производственно-технологическая
  деятель­ность;

• повышение
  уровня профессионально-педаго­гического
  образования и квалификации;

• инновационная
  деятельность.

Виды
деятельности характеризуются составом
профессионально-педагогических задач,
которые для специалиста данного профиля
являются типо­выми. Отсюда следующий
уровень обобщения про­фессионально-педагогической
деятельности — ти­повые
профессионально-педагогические задачи.
Так, деятельность, предваряющая
учебно-воспита­тельный процесс,
предусматривает решение следу­ющих
задач: проектирование учебно-воспитатель­ного
процесса, его дидактическое оснащение,
мате­риально-техническое обеспечение
учебно-произ­водственного процесса.

Специфической
особенностью профессиональ­но-педагогических
задач является вариативность их решения.
В ситуациях, характеризующихся высокой
степенью неопределенности, способ
решения осно­вывается на учете многих
факторов. Поэтому боль­шинство задач
имеет творческий характер. Творче­ский
подход необходим педагогу профессиональной
школы для решения не только собственно
педагоги­ческих задач, но и многих
инженерных и производст­венных.

В.
А. Сластенин приводит следующую
последова­тельность решения
педагогических задач: 1) анализ
педагогической ситуации (диагноз),
проектирование результата (прогноз) и
планирование педагогических воздействий;
2) конструирование и реализация
учеб­но-воспитательного процесса;
3) регулирование и корригирование
педагогического процесса; 4) итого­вый
учет, оценка полученных результатов и
опреде­ление новых педагогических
задач⁵⁷.

Анализ
литературы, исследование
профессиональ­но-педагогической
деятельности педагогов профес­сиональных
училищ Свердловской области позволи­ли
нам определить основные
профессионально-пе­дагогические
задачи:

• проектирование
  профессионально-образова­тельного
  процесса;

• дидактическое
  и материально-техническое обеспечение
  учебно-производственного процесса;

• формирование
  учебно-профессиональных мо­тивов;

• организация
  и осуществление познавательной и
  учебно-профессиональной деятельности
  учащих­ся;

• психолого-педагогическая
  реабилитация обще­образовательной
  подготовки и отклоняющегося по­ведения
  учащихся;

• мониторинг
  учебно-воспитательного процесса,
  профессионального развития личности
  и уровня раз­вития коллектива
  учащихся;

• социальное,
  нравственное и профессиональное
  воспитание учащихся;

• развитие
  ключевых квалификаций учащихся;

• профессиональная
  ориентация;

• организация
  и осуществление производствен­но-технологической
  деятельности;

• диагностика
  профессиональной направленно­сти,
  компетентности и профессионально
  важных-ка­честв личности учащихся;

• управление
  ученическими коллективами и ор­ганизация
  их самоуправления;

• формирование
проектировочных умений — об­щепедагогических
умений по конструированию со­держания
и технологий личностно ориентированно­го
образования, проектированию развивающей
учеб­но-пространственной среды, а
также планированию профессионально-образовательного
процесса.

Решение
профессионально-педагогических задач
осуществляется с помощью совокупности
действий и операций, которые реализуются
благодаря умениям. Умения предполагают
использование имеющихся у субъекта
деятельности знаний и навыков для
выбора и осуществления действий в
соответствии с постав­ленной целью.
Состав профессионально-педагогиче­ских
умений образует
третий уровень обобщения дея­тельности.
В процессе профессионального становле­ния
личности изменяется характер умений,
репро­дуктивный уровень выполнения
действий и опера­ций сменяется
творческим. Конкретные умения и
профессионально важные качества
объединяются в ключевые квалификации,
что способствует форми­рованию
целостности деятельности.

Для
определения состава
профессионально-педа­гогических
умений мы рассмотрели наиболее общие
способы решения типовых задач. Так,
проектирова­ние учебно-воспитательного
процесса требует уме­ний определения
перспективных и текущих целей, разработки
перспективных и текущих планов, анали­за
учебных программ, отбора и структурирования
учебного материала, прогнозирования
возможных трудностей, выбора типа
урока, его структуры, форм, методов и
средств обучения, оценки эффективности
учебно-воспитательного процесса и др.
Таким обра­зом, мы определили
совокупность умений, необхо­димых
для реализации профессионально-педагоги­ческой
деятельности.

Полученный
ансамбль конкретных умений мы рассмотрели
с позиций обеспечения ими основных
операциональных функций педагога
профессиональ­ной школы. В результате
были выделены следующие группы
профессионально-педагогических умений:

• гностические
  умения
  — познавательные умения в области
  приобретения общепрофессиональных,
  производственных и психолого-педагогических
  зна­ний, предусматривающие получение
  новой инфор­мации, выделение в ней
  главного, существенного, обобщение и
  систематизацию собственного
  педаго­гического опыта, опыта
  новаторов и рационализато­ров
  производства, а также индивидуального
  опыта учащихся;

• идеологические
  умения
  — социально значимые уме­ния по
  проведению политико-воспитательной
  работы среди учащихся, пропаганде
  педагогических знаний;

• дидактические
  умения
  — общепедагогические умения по
  определению конкретных целей обучения,
  выбору адекватных форм, методов и
  средств обучения, конструированию
  педагогических ситуаций, объясне­нию
  учебно-производственного материала,
  демонст­рации технических объектов
  и приемов работы;

• организационно-методические
  умения
  — интегра-тивные педагогические умения
  по реализации учеб­но-воспитательного
  процесса: формированию моти­вации
  учения, организации учебно-профессиональ­ной
  деятельности учащихся, установлению
  педагоги­чески оправданных
  взаимоотношений, формирова­нию
  коллектива, организации самоуправления;

• коммуникативно-режиссерские
  умения
  — обще­педагогические умения,
  включающие перцептив­ные, экспрессивные,
  суггестивные, ораторские уме­ния и
  умения по педагогической режиссуре;

• прогностические
  умения
  — общепедагогиче­ские умения по
  прогнозированию успешности
  учебно-воспитательного процесса,
  включающие диагностику личности и
  коллектива учащихся, ана­лиз
  педагогических ситуаций, построение
  альтер­нативных моделей педагогической
  деятельности, проектирование развития
  личности и коллектива, контроль за
  процессом и результатом обучения и
  воспитания;

• рефлексивные
  умения
  — способность к самопо­знанию,
  самооценке профессиональной деятельно­сти
  и профессионального поведения,
  самоактуали­зации;

• организационно-педагогические
  умения
  — обще­педагогические умения по
  планированию воспита­тельного
  процесса, выбору оптимальных средств
  пе­дагогического воздействия и
  взаимодействия, орга­низации
  самовоспитания и самоуправления,
  форми­рованию профессиональной
  направленности лично­сти учащихся;

• общепрофессионалъные
  умения
  — умения по чте­нию и составлению
  чертежей, схем, измерению, тех­ническому
  диагнозу, выполнению расчетно-графи-ческих
  работ, определению экономических
  показа­телей производства;

• конструктивные
  умения
  — интегративные уме­ния по разработке
  технологических процессов и
  конструированию технических устройств;
  включа­ют разработку учебной и
  технико-технологической документации,
  выполнение конструкторских работ,
  составление технологических карт,
  направляющих текстов;

• технологические
  умения
  — поливалентные уме­ния по анализу
  производственной ситуации, плани­рованию
  и рациональной организации
  технологиче­ского процесса,
  эксплуатации технических устройств;

• производственно-операционные
  умения
  — обще­трудовые умения по смежным
  рабочим профессиям на уровне 4—5-го
  квалификационного разряда¹;

• специальные
  умения
  — узкопрофессиональные умения по
  специальности в рамках какой-либо
  одной отрасли производства (машиностроение,
  электро­энергетика, строительство
  и др.).

Таким
образом, структурно-функциональный
анализ профессионально-педагогической
деятельно­сти позволил определить
три ее уровня: вид деятель­ности,
типовые профессионально-педагогические
задачи и профессионально-педагогические
умения (табл. 29).

Таблица
29

Содержание
профессионально-педагогической
деятельности

‘
Соста в этих умений по каждой рабочей
профессии и специаль­ности определен
в квалификационных характеристиках.

2. Социальные и профессиональные функции учителя

Во
все времена выдающиеся деятели науки,
искусства, образования высоко отзывались
о роли учителя в жизни общества. Приведем
ряд высказываний.

Профессия
учителя для Я.А.
Коменского
была «превосходна, как никакая другая
под солнцем». Он сравнивал учителя с
садовником, любовно выращивающим
растения в саду; с архитектором, заботливо
застраивающим знаниями все уголки
человеческого существа; с полководцем,
энергично ведущим наступление против
невежества.

К.Д.
Ушинский,
характеризуя общественное значение
профессии учителя, подчеркивал, что его
дело, «скромное по наружности, — одно из
величайших дел истории. На этом деле
зиждутся государства и им живут целые
поколения» (Ушинский К.Д. Собрание
сочинений: В 11 т. — М., 1951. Т.2. — С. 32).

А.С.
Макаренко
считал, что работа воспитателя самая
трудная, «возможно самая

ответственная
и требующая от личности не только
наибольшего напряжения, но и больших
сил, больших способностей» (Макаренко
А.С. Сочинения: В 7 т. — М., 1958.- Т. У. — С. 178).

Несмотря
на то, что социальные функции профессии
педагога изменяются вместе с развитием
общества, в них можно выделить нечто
общее и постоянное для разных исторических
эпох. Во-первых, педагог – преемственное
звено в неразрывной цепи поколений,
связующее звено между прошлым и будущим.
Во-вторых, педагог – ускоритель
(катализатор) общественного прогресса,
т.к. он способствует формированию
специалистов, владеющих новыми
прогрессивными технологиями. В-третьих,
педагог – «аккумулятор» социального
опыта, хранитель и носитель многообразных
человеческих ценностей. Но он накапливает
эти ценности в себе для того, чтобы затем
передать их молодому поколению.
В-четвертых, педагог – специалист,
оценивающий культуру общества, опыт
общественных взаимоотношений и поведения
людей. Из общего фонда культуры он
выбирает тот материал, который, по его
мнению, будет полезен для использования
в учебно-воспитательном процессе. Иногда
педагог выступает здесь консерватором.
Вместе с тем, многие педагоги умеют
выбрать прогрессивное в детской среде,
внедряя его в систему общественных
отношений. В-пятых, педагог- это лицо,
уполномоченное обществом представлять
мир молодежи перед старшим поколением.
Он может и способен компетентно
высказывать свои суждения по всем
проблемам образовательной практики и
педагогической науки. Главная же
социальная функция педагога – формирование
духовного мира молодежи в соответствии
с ценностями общества.

Все
эти социальные функции проявляется в
комплексе и конкретизируются в
профессиональных функциях педагога.
Профессиональные
функции педагога
– это те, которые имеют непосредственное
отношение к педагогической деятельности.
Выделяют следующие профессиональные
функции:

—
информационная
функция:
учитель транслирует ту или иную
информацию.

—
развивающая
функция:
педагог развивает познавательные
процессы, речь, умения и т.д.

—
ориентирующая
функция:
педагог ориентирует учащихся в
многообразии информации, ценностях и
т.д.

Первые
три функции вместе составляют собственно
воспитательную и обучающую функции,
которые являются основными.

—
коммуникативная
функция
выражает сущностную характеристику
педагогической профессии и педагогической
деятельности. Педагогическая деятельность
невозможна без общения с воспитанниками,
их родителями, коллегами и др. участниками
педагогического процесса.

—
организаторская
функция:
педагогическая деятельность предполагает
управление деятельностью учащихся, а,
значит, и ее организацию. Кроме того,
педагог организует деятельность других
учителей, родителей, собственную
деятельность (уроки, внеклассные дела
и т.д.).

—
исследовательская
функция:
умение изучать личность ученика
(воспитанника), группу учащихся, уровень
их обученности и воспитанности, умение
организовать и осуществить педагогическое
исследование.

—
коррекционная
функция:
связана с предыдущей. На основе диагностики
педагог оценивает результаты
учебно-воспитательного процесса и
вносит коррективы в свою деятельность
и деятельность учащихся.

—
конструктивная
функция:
учитель конструирует урок, внеклассное
дело, отдельные задания учащимся и т.д.

—
стимулирующая
(мобилизационная) функция:
стимулирует (мобилизует) учащихся на
выполнение заданий, упражнений, дел и
т.п.

Очевидно,
что все функции взаимосвязаны, дополняют,
проникают друг в друга и могут быть
разделены только условно.

PED — определение | Economics Online

Перейти к содержанию

Искать:

• Home
• Micro-Economics
  • • • Что такое экономика?
        • Что такое экономика?
        • Введение в конкурентные рынки
      • Сделки и обмен
        • Сделки и обмен
      • Экономическая проблема
        • Производственные возможности
        • Экономический рост
        • Экономические системы
    • • Ценовой механизм
        • Ценовой механизм
      • Потребительский спрос
        • Спрос и цена
        • Неценовые факторы
        • Кривые спроса
        • Спрос и доход
        • Изменения спроса
      • Предложение производителя
        • Определяет предложение
        • Изменения предложения
        • Субсидии
        • Эластичность предложения
    • • Излишек потребителя
        • Излишек потребителя
      • Излишек производителя
        • Избыток производителя
      • Равновесная цена
        • Равновесная цена
          • 0
          • Цена и налогообложение
          • Цена и субсидии
          • Эластичность и налоги
          • Нерыночная цена
      • • Эластичность
          • Что такое эластичность?
          • Ценовая эластичность спроса
          • Точечная эластичность спроса
          • Перекрестная эластичность спроса
          • Эластичность спроса по доходу
          • Ценовая эластичность предложения
        • Рынки
          • Первичные рынки
          • Нефть
          • Рынок жилья
          • Финансовые рынки
            • Фондовые рынки
            • Валютный рынок
        • Анализ безразличия
          • PED и цена
          • Доходы и спрос
  • Провалы рынка
    • • • Что такое рыночные неудачи?
          • Что такое рыночные сбои?
        • Типы рыночных сбоев
          • Типы рыночных сбоев
        • Отсутствующие рынки
          • Недостающие рынки
        • Незавершенные рынки
          • Незавершенные рынки
      • • Заслуги
          • Что такое товары заслуг ?
          • Здравоохранение
          • Финансирование образования
        • Внешние эффекты
          • Отрицательные внешние эффекты
          • Дорожные заторы
          • Общественный транспорт
          • Загрязнение
          • COP24 — Катовице
          • Истощение рыбных запасов
          • Положительные внешние эффекты

          91023

          • Недобросовестные товары
            • Недобросовестные товары
          • Поведенческая экономика
            • Поведенческая экономика
            • Системы принятия решений
            • Ограниченная рациональность и самоконтроль
            • Предубеждения при принятии решений
            • Социальные нормы и альтруизм

            0

            • Предубеждения и финансовые продукты Политика
            • Критика
        • • Права собственности
            • Права собственности
          • Отсутствие информации
            • Отсутствие информации
          • Моральная опасность
            • Mor al dangerous
        • • Неустойчивые цены
            • Неустойчивые цены
          • Сбои финансового рынка
            • Сбои финансового рынка
        • • Неравенство
            • Неравенство
              

              0

          23

        23

        Экономика бизнеса

        • • • Экономика бизнеса
              • Экономика бизнеса
            • Производство
              • Производство
            • Выручка
              • Выручка
            • Затраты
              • Затраты
            • Прибыль
            • Прибыль
            • Прибыль
            • • Максимизация продаж и доходов
                • Максимизация продаж и доходов
              • Рынки труда
                • Спрос на рабочую силу
                • Предложение рабочей силы
                • Заработная плата и занятость
                • Экономическая рента

                9 0009 Сбои на рынке труда

                • Разница в заработной плате

        .

        Информация о зачете / переводе класса деятельности PED

        ОТДЕЛЕНИЕ КИНЕЗИОЛОГИИ (КИНЕ)
        

        
        Миссия ОТДЕЛЕНИЯ КИНЕЗИОЛОГИИ (KINE) Программа кинезиологии в университете Хьюстон-Тиллотсон предлагает программу комплексных академических курсовых работ и практического опыта для подготовки студентов к карьере

        Дополнительная информация

        ПЛАН ОПЛАТЫ И КЛАССИФИКАЦИИ
        

        
        ПЛАН ОПЛАТЫ И КЛАССИФИКАЦИИ ФИНАНСОВЫЙ ГОД 2013-2014 Государственные школы округа Эссекс П.O. Box 756 Tappahannock, Virginia 22560 804-443-4366 804-443-4498 (факс) www.essex.k12.va.us Скотт А. Беркбухлер, доктор философии Суперинтендант

        Дополнительная информация

        Кинезиология и физическое воспитание
        

        
        Кинезиология и физическое воспитание Натан С. Райт, председатель На специальности «Кинезиология и физическое воспитание» магистерского колледжа студенты имеют возможность изучать важные принципы, которые они могут

        Дополнительная информация

        Сан-Диего — Гроссмонт колледж
        

        
        Сан-Диего — Гроссмонт колледж Список неполный и основанный на модификации Veuillez Trouver ci- dessous la liste des différents filière d’associate Degree or Certificate Degree.Vous pourrez choisir

        Дополнительная информация

        Сан-Франциско — Колледж Шабо
        

        
        Сан-Франциско — Колледж Шабо Список неполный и основанный на модификации Veuillez Trouver ci-dessous la liste des différents filière d’associate Degree or Certificate Degree. Vous pourrez choisir

        Дополнительная информация

        Сан-Диего — Колледж Меса
        

        
        Сан-Диего — Список колледжей Меса не исчерпывающий и основанный на модификации Veuillez Trouver ci- dessous la liste des différents filière d’associate Degree or Certificate Degree.Vous pourrez choisir votre

        Дополнительная информация

        Подраздел C. Средняя школа
        

        
        Глава 116. Техас: основные знания и навыки для физического воспитания. Подраздел C. Законодательные органы средней школы: положения этого подраздела C выпущены в соответствии с Кодексом образования штата Техас, 28.002,

        .

        Дополнительная информация

        График заработной платы профессиональных сотрудников школ округа Харрисон на 2013-14 гг.
        

        
        График профессиональной заработной платы 2013-14 лет 4-й 3-й 2-й BA BA + 15 MA MA + 15 MA + 30 MA + 45 PHD / EDD Exp Class Class Class 0 30,767 31,456 31,722 33,165 33,978 35,937 36,794 37,651 38,412 39,538 1 31,095 31,784

        Дополнительная информация

        Стадион Центрального школьного округа Лансинга Футбольный стадион Собус Филд, Университетский футбол, Легкая атлетика, Беговые гонки, Модифицированный футбол,
        

        
        Стадион Центрального школьного округа Лансинга, Университетский футбол Собус Филд, Университетский футбол, Легкая атлетика, Кросс-кантри, Модифицированный футбол, Юниорский университетский футбол, Юниорский университетский бейсбол, Кирпичный завод Собус Филд,

        Дополнительная информация

        Eagle Mountain-Saginaw График приема на работу учителей, библиотекарей, медсестер (RN) ISD на 2013-2014 гг.
        

        
        График приема на работу учителей, библиотекарей, медсестер (RN) на 2013-2014 гг. 187 дней 187 дней 197 дней 197 дней STEP Бакалавр, магистр, бакалавр, магистр 0 $ 47 580.00 $ 49 080,00 $ 50,124,00 $ 51 705,00 $ 1 47 880,00 $ 49 380,00 $

        Дополнительная информация

        Совет по образованию округа Бретитт
        

        
        Совет по образованию округа Бретитт на 2015-16 гг. ГОДОВОЙ ГРАФИК ЗАРАБОТНОЙ ПЛАТЫ НА 2% ПОВЫШЕНИЕ СЕРТИФИЦИРОВАННОГО ПЕРСОНАЛА (НА ОСНОВЕ 185 ДНЕЙ) КОЛИЧЕСТВО ГОДОВ 1-й уровень 2-й уровень 3-й уровень 4-й уровень 5 ОБУЧЕНИЕ (степень магистра или его эквивалент (степень магистра

        )

        Дополнительная информация

        Ричмондские государственные школы
        

        
        Государственные школы Ричмонда освещают путь от компетентности к совершенству Главная О RPS Департаменты Новости Школы Программы Администрация Связаться с RPS Департаменты> Кадровые ресурсы> Шкалы заработной платы> Учителя

        Дополнительная информация

        Калорий на килограмм в час
        

        
        За килограмм в час Аэробика, общая 6 Бокс, на ринге, общая 12 Аэробика, с высокой ударной нагрузкой 7 Бокс, боксерская груша 6 Аэробика, с низкой ударной нагрузкой 5 Бокс, спарринг 9 Стрельба из лука (не охота) 3 Брумбол 7 Автомобиль

        Дополнительная информация

        HOLMAN INSURANCE BROKERS LTD.

        
        HOLMAN INSURANCE BROKERS LTD. 3100 Steeles Ave. East, Suite # 101, Markham Ontario Canada L3R 8T3 Веб-сайт: www.holmanins.com Телефон: 905-886-5630 Бесплатный звонок: 1-800-567-1279 Факс: 905-886-5622 Электронная почта: [email protected]

        Дополнительная информация

        ЗДОРОВЬЕ, ТРЕНИРОВКИ
        

        
        Здоровье, наука о физических упражнениях и спортивный менеджмент — предлагается 137 степеней: бакалавр наук в области фитнес-менеджмента.Бакалавр наук в области спортивного менеджмента. Доценты: Lyter, Ph.D. (Председатель) Ассистент

        Дополнительная информация

        Физические упражнения и спортивная наука
        

        
        Отделение Боба Кристенсена, заведующего отделом Марка Бернтсдена, Клэр Блейкли, Боба Кристенсена, Рика Диксона, Престона Хейли, Стивена Кимпела, Эли Ланкфорда, Клайда Нельсона, Джоанн Рив, Джерри Шлегельмильх,

        Дополнительная информация

        RRG Roslow Research Group
        

        
        Roslow Research Group Тенденции физического воспитания в школах нашей страны Опрос практикующих учителей физического воспитания K-12, подготовленный для: Polar Electro Inc.Национальная ассоциация спорта и физической культуры

        Дополнительная информация

        СПИСОК ДИСЦИПЛИН РАЗДЕЛ 5
        

        
        ДИСЦИПЛИНА: СПИСОК ДИСЦИПЛИН СПОРТСМЕННОЙ ПОДГОТОВКИ ПОДРАЗДЕЛЕНИЕ 5 СТЕПЕНЬ МАСТЕРА, НЕ ОЖИДАВАЕМАЯ ИЛИ ДОСТУПНАЯ В ОБЩЕМ ОБЯЗАТЕЛЬСТВЕ Минимальная квалификация по дисциплинам из этого списка — любая степень бакалавра и два года

        Дополнительная информация

        Кафедра физического воспитания
        

        
        Департамент физического воспитания Заведующий отделом: Крейг Моррисон PE 214 (45) 586-7816 Секретарь отдела: Джоан М.Андерсон Профессора: Жан Р. Лопур, Крейг Моррисон; Доценты: Бенджамин

        Дополнительная информация

        ПРИЛОЖЕНИЕ A: ГРАФИК ЗАРПЛАТЫ
        

        
        ПРИЛОЖЕНИЕ A: РАСПИСАНИЕ ЗАРАБОТНОЙ ПЛАТЫ РАСПИСАНИЕ ЗАРПЛАТЫ A (1): РАСПИСАНИЕ ЗАРПЛАТЫ ПРЕДУСМОТРЕННОГО УЧИТЕЛЯ (2014-15) Уровень * БАКАЛАВРА # ДОПОЛНИТЕЛЬНАЯ СТЕПЕНЬ A 38777 СПЕЦИАЛИСТ МАСТЕРА / DR B 39577 2667 3667 C 40377

        Дополнительная информация

        Бакалавр кинетики человека (Б.Х.К.)
        

        
        Школа доктора Блэра Уитмарша, декан Школа предлагает: степень бакалавра, ведущая к B.H.K. степень магистра, ведущая к бакалавриату. степень специалиста в области спорта и управления досугом, ведущая к бакалавриату. градус Концентрация

        Дополнительная информация

        ДЕБОРА ПОЛУЧИТЬ ОБРАЗОВАНИЕ
        

        
        DEBORAH GETTY Рабочий адрес: 1015 W. Main St., Rm. 1052 Ричмонд, Вирджиния 23284 (804) 827-9344 ОБРАЗОВАНИЕ Калифорнийский университет в Беркли Беркли, Калифорния Доктор философии, физическое воспитание, акцент

        Дополнительная информация

        Bloomsburg PSAC Командные чемпионы
        

        
        Bloomsburg PSAC Team Champions Baseball — 1955, 1956, 1965 Мужской баскетбол — 1953, 1981 Женский баскетбол 1992, 2013 Футбол — 1948, 1949, 1951, 1954, 1955, 1985, 1994, 1995, 1996, 1997, 2000, 2001,

        Дополнительная информация

        .

        Набор инструментов для анализа данных всего генома

        1. Введение 2. Основная информация 3. Скачать и общие примечания 4. Справочная таблица команд 5. Базовое использование / форматы данных 6. Управление данными 7. Сводная статистика 8. Пороги включения 9. Стратификация населения 10. Оценка IBS / IBD 11. Ассоциация 12. Семейные ассоциации 13. Процедуры перестановки 14. Расчеты LD 15. Мультимаркерные тесты. 16. Условные тесты гаплотипов. 17. Прокси-ассоциация 18. Вменение (бета) 19. Данные по дозировке 20.Мета-анализ 21. Аннотация 22. Объединение результатов на основе LD 23. Генный отчет 24. Эпистаз. 25. Редкие CNV 26. Общие CNP 27. R-плагины 28. Поиск аннотаций в Интернете. 29. Инструменты моделирования. 30. Оценка профиля 31. ID помощник 32. Ресурсы 33. Блок-схема 34. Разное 35. Часто задаваемые вопросы и подсказки 36. gPLINK

        PLINK — это программа командной строки, написанная на C / C ++. Все команды включают ввод plink в командной строке (например, DOS окна или терминала Unix), за которым следует ряд параметров (все начальные с — опция ), чтобы указать файлы / методы данных быть использованным.Все результаты записываются в файлы с разными расширения. Имя файла по умолчанию — plink.ext. где .ext будет меняться в зависимости от содержимого файл. Часто эти файлы будут большими: использование такого пакета, как R, предлагается для визуализации и табулирования вывода. Большая часть чего-либо выходные файлы имеют стандартный прямоугольный текстовый формат с одна строка заголовка и фиксированное количество столбцов в строке. Полный список всех опций и типов выходных файлов приведено в справочный раздел Запуск PLINK PLINK — это программа командной строки: нажатие на значок ни к чему не приведет: ознакомьтесь с этими примечаниями по загрузке и установке PLINK.Откройте командную строку или окно терминала и выполнять все анализы, вводя команды, как описано ниже. plink —file mydata где мы ожидаем два файла: в данном случае mydata.ped и mydata.map. Когда PLINK запускается, он пытается связаться с Интернетом, чтобы проверьте, доступна ли более свежая версия. После проверки PLINK записывает файл с именем .pversion. в рабочий каталог и использовать эту кешированную информацию для остального дня. Этот параметр можно отключить с помощью —noweb параметр в командной строке.При использовании PLINK на машине при отсутствии или очень медленном подключении к Интернету может потребоваться включить эта функция выключена. Эта функция включена по умолчанию, поэтому пользователи осведомлены о новых версиях, которые могут содержать важные новые функции или исправление ошибок. Если ваша текущая версия PLINK устарела, затем отобразится предупреждающее сообщение, предлагающее загрузить и установите текущую версию. (Это единственная причина, по которой Интернет соединение установлено — никакие другие данные на сервер не передаются.) Если текущая версия актуальна, вы увидите что-то вроде следующий: Проверка версии через Интернет (--noweb, чтобы пропустить) Подключение к Интернету ... ОК, текущая версия 1.04 тогда как, если текущая версия устарела, вы увидите что-то вроде следующего: Проверка версии через Интернет (--noweb, чтобы пропустить) Подключение к Интернету ... *** ТРЕБУЕТСЯ ОБНОВЛЕНИЕ *** Эта версия: 1.03 Самая последняя версия: 1.04 Пожалуйста, обновите вашу версию PLINK как можно скорее! (посетите указанный выше веб-сайт для бесплатной загрузки) Старые версии PLINK ( Веб-проверка версии также выдаст предупреждение, если команда used, обнаружила некоторую проблему, так как эта версия была выпущен (предупреждение будет содержать ссылку на веб-страницу с описанием выпуск).Чтобы повторно запустить предыдущее задание, используйте параметр --rerun, который принимает файл PLINK LOG в качестве параметра. Эта опция будет сканировать файл журнала, извлеките предыдущие команды PLINK и повторно выполните их. Если новый команды добавляются в командную строку, они также будут включены; если команда также появилась в исходном файле, любые параметры будут взято из более новой версии. Например, если исходная команда была plink --file mydata --pheno pheno.raw --assoc --maf 0.05 --out run1 тогда команда plink --rerun run1.журнал --maf 0.1 повторил бы анализ, но с новым минорным аллелем частотный порог 0,1, а не 0,05. Обратите внимание, что команды в старом Файл LOG можно перезаписать, но нельзя удалить с помощью команды rerun. Примечание По умолчанию оператор --out будет также будут скопированы, и поэтому новый результат перезапишет все старые результаты (т.е. с корневым файлом run1). Часто рекомендуется также добавить новый --out, поэтому: plink --rerun run1.log --maf 0.1 --out run2 Для очень длинных сложных команд --rerun может сэкономить время на вводе и уменьшить количество ошибок. СОВЕТ MS-DOS разрешает длину командной строки только 127 символов - иногда, Командные строки PLINK могут быть длиннее этого. В этом случае используйте параметр --script, где остальные параметры будут считываться из текстового файла. Например, plink --script myscript1.txt где файл myscript1.txt - это простой текстовый файл, содержащий --ped .. \ data \ version1 \ 50K \ allsamples.ped --map .. \ data \ allmapfiles \ finalversion \ autosomal.map --out .. \ results \ working \ sample-missingness-v1.22 --от rs66537222 --to rs8837323 --geno 0,25 --маф 0,02 --отсутствует будет то же самое, что ввести все эти параметры в командной строке (обратите внимание, что теперь необязательно, чтобы все команды были в одной строке). Другой Преимущество использования файлов сценариев состоит в том, что они помогают попыткам воспроизводимость исследований. Файлы PED Как и команда --file, описанная выше, Файлы PED и MAP можно указывать отдельно, если они иметь разные названия: plink --ped mydata.ped --map autosomal.map Note Загрузка большого файла (100K + SNP) может занять некоторое время (поэтому мы предлагаем преобразовать в двоичный формат). PLINK в большинстве случаев выдает сообщение об ошибке когда что-то пошло не так. Файл PED представляет собой файл, разделенный пробелами (пробелами или табуляцией): первые шесть столбцы обязательны: Семейный ID Индивидуальный идентификатор Отцовский идентификатор Материнский ID Пол (1 = мужской; 2 = женский; другое = неизвестно) Фенотип Идентификаторы являются буквенно-цифровыми: комбинация семейного и индивидуального идентификаторов. должен однозначно идентифицировать человека. В файле PED должен быть 1 и только 1 фенотип в шестом столбце. Фенотип может быть количественная характеристика или столбец статуса привязанности: PLINK будет автоматически определять, какой тип (т.е. на основе того, является ли значение, отличное от 0, 1, 2 или отсутствует код генотипа). ПРИМЕЧАНИЕ Количественные признаки с десятичными точками должны быть закодированы точкой / точкой, а не запятой, т.е. 2.394, а не 2394 Если пол человека неизвестен, тогда любой символ, кроме 1 или 2 может быть использован.Когда создаются новые файлы (PED, FAM или другие, содержащие sex), тогда исходная кодировка будет сохранена. Однако эти люди будут исключены из любых анализов (т.е. фенотип установлен на также отсутствует), и сообщение об ошибке появится, если анализ, использует семейную информацию, запрашивается и лицо "неизвестно" пол указан как отец или мать. СОВЕТ Чтобы отключить автоматическую настройку фенотип отсутствует, если у человека неоднозначный половой код, добавить параметр --allow-no-sex.При использовании генерации данных команда (например, --make-bed, --recode и т. д.) в отличие от к команде анализа, то по умолчанию фенотип не установлен на отсутствует секс отсутствует. Это поведение можно изменить, добавив flag --must-have-sex. СОВЕТ Вы можете добавить комментарий к файлу PED или MAP, начало строки с символа #. Остальная часть этой строки будут проигнорированы. Не начинайте идентификаторы семьи с этого персонажа следовательно. Статус привязанности по умолчанию должен быть закодирован: -9 отсутствует 0 пропавших без вести 1 незатронутый 2 пострадавших Если ваш файл закодирован 0/1, чтобы представить незатронутый / затронутый, используйте --1 флаг: plink --file mydata --1 который укажет закодированный фенотип заболевания: -9 отсутствует 0 незатронутых 1 пострадавший Отсутствующее значение фенотипа для количественных признаков по умолчанию равно -9. (это также можно использовать для признаков болезни, а также для 0).Его можно сбросить включив параметр --missing-phenotype: plink --file mydata --missing-phenotype 99 Другие фенотипы можно поменять местами с помощью --pheno (и возможно --mpheno), которые указывают альтернативный фенотип, описанный ниже. Генотипы (столбец 7 и далее) также должны быть разделены пробелами; Oни может быть любым символом (например, 1,2,3,4 или A, C, G, T или любым другим), кроме 0, по умолчанию отсутствующий генотип персонаж. Все маркеры должны быть двуаллельными. .Все SNP (будь то гаплоидный или нет) должны иметь два указанных аллеля. Либо Оба аллеля должно отсутствовать (т.е. 0) или ни одного. Строка заголовка не должна быть данным. Например, вот два человека, набранные для 3 SNP (один ряд = один человек): FAM001 1 0 0 1 2 А А Г Г А С FAM001 2 0 0 1 2 А А А Г 0 0 ... Отсутствующий по умолчанию символ генотипа можно изменить с помощью параметр --missing-genotype, например: plink --file mydata --missing-genotype N ПРИМЕЧАНИЕ Могут быть указаны другие значения для отсутствующего кода фенотипа или генотипа. для созданных выходных наборов данных с --output-missing-phenotype и --output-missing-genotype. Различные форматы файлов PED: отсутствуют поля Иногда данные поступают в нескольких разных форматах: например, где информация о генотипе имеет только один столбец идентификатора, за которым следуют все данные SNP, с другая информация о семействе и фенотипе хранится в отдельном файле. Скорее, чем необходимо воссоздавать новые файлы, иногда такие файлы можно читать напрямую. В стандартное поведение PLINK при чтении файла PED с помощью --file или --ped можно изменить, чтобы учесть тот факт, что один или несколько обычно отсутствуют 6 обязательных полей: --no-fid указывает на отсутствие столбца Family ID: здесь берется первое поле быть индивидуальным идентификатором, а семейный идентификатор автоматически устанавливается как то же, что и индивидуальный идентификатор (т.е.е. очевидно, что все люди будут рассматриваются как не связанные). В других файлах, требующих семьи и индивидуальный идентификатор (например, файл альтернативного фенотипа и файлы кластера, для на который этот флаг не действует), индивидуальный идентификатор должен быть вводится также как семейный идентификатор поэтому. - без родителей указывает на отсутствие идентификационных кодов отца и матери; все в этом случае учредителями будут считаться физические лица - без секса указывает на отсутствие поля пола; все люди настроены иметь отсутствующий половой код (который также указывает, что этот человек отсутствует, если также используется опция allow-no-sex) --но-фено указывает на отсутствие данных о фенотипе; все люди настроены на отсутствует, если не указан файл альтернативного фенотипа.Эти флаги можно использовать вместе, поэтому их использование укажите самый простой тип файла, упомянутый выше: единственный уникальный Идентификационный код, за которым следуют все данные генотипа. ВАЖНО Эти параметры работают только для основных PED-файл (т.е. указывается --file или --ped. Они делают не работает для транспонированных файлов при объединении в файл с --merge или с двоичными наборами файлов или ковариатом, кластер или альтернативные файлы phentype. Если коды генотипов в файле PED имеют вид AG, скорее чем, например, A G, так что каждый генотип точно два символа, затем флаг ./ plink --file mydata --compound-genotypes можно добавить. Обратите внимание, что это работает только для ввода для файлов PED (не Файлы TPED или LGEN, но не для каких-либо параметров вывода, например - перекодировать и т. д.). Примечание Чтобы загрузить файл PED со стандартного ввода поток вместо файла используйте символ - в качестве имени файла, например perl retrieve_data.pl | ./plink --ped - --map mymap.map --make-bed Файл MAP по-прежнему должен быть обычным файлом; это в настоящее время только работает для файлов --ped. Файлы MAP По умолчанию каждая строка файла MAP описывает один маркер и должен содержать ровно 4 столбца: хромосома (1-22, X, Y или 0, если не размещена) rs # или идентификатор snp Генетическая дистанция (морганы) Положение пары оснований (единицы п.н.) Генетическое расстояние можно указать в сантиморганах с помощью --cm. флаг.В качестве альтернативы вы можете использовать файл MAP с генетической дистанцией исключен добавлением флага --map3, т.е. plink --file mydata --map3 В этом случае ожидается, что три столбца будут хромосома (1-22, X, Y или 0, если не размещена) rs # или идентификатор snp Положение пары оснований (единицы п.н.) Положения пары оснований должны соответствовать положительным целым числам. в диапазоне типичных размеров хромосом человека. Примечание Большинство анализов не требуют генетической карты в любом случае уточнять; указание генетической (cM) карты наиболее имеет решающее значение для набора анализов, которые ищут общие сегменты между лиц.Для базового ассоциативного тестирования генетическое расстояние столбец может быть установлен на 0. Идентификаторы SNP могут содержать любые символы, кроме пробелов и табуляции; также вам следует также избегайте символов * в именах. Чтобы исключить SNP из анализа, установите 4-й столбец (физическая пара оснований position) на любое отрицательное значение (это будет работать только для файлов MAP, не для двоичных файлов BIM). 1 RS123456 0 1234555 1 RS234567 0 1237793 1 rs224534 0-1237697 Следовательно, файл MAP должен содержать столько маркеров, сколько имеется в PED. файл.Маркеры в файле PED не обязательно должны быть в геномном порядке: (т.е. порядок файла MAP должен соответствовать порядку файла PED маркеры). Коды хромосом Аутосомы должны иметь коды от 1 до 22. Следующие другие коды может использоваться для указания других типов хромосом: X X хромосома -> 23 Y Y хромосома -> 24 XY Псевдо-аутосомная область X -> 25 МТ Митохондрии -> 26 Цифры справа представляют внутреннюю числовую кодировку PLINK этих хромосомы: они будут отображаться во всех результатах, а не в исходном коды хромосом.Для гаплоидных хромосом генотипы следует указывать как гомозиготы: для В большинстве анализов PLINK будет обрабатывать их соответствующим образом. Например, рассмотрим следующий пример файла PED, содержащий двух мужчин (1 и 2) и две самки (3 и 4): 1 1 0 0 1 1 А А А А А А А А А А 2 1 0 0 1 1 А В А В А С А С А С 3 1 0 0 2 1 А А А А А А А А А А 4 1 0 0 2 1 А В А В А С А С А С и файл MAP 1 снп1 0 1000 X snp2 0 1000 Y snp3 0 1000 XY snp4 0 1000 МП снп5 0 1000 Генерация частот для этих SNP, plink --file test --freq мы видим плинк.frq это CHR SNP A1 A2 MAF NM 1 снп1 С А 0,25 8 23 снп2 С А 0,2 5 24 снп3 С А 0 1 25 снп4 К А 0,25 8 26 снп5 С А 0 2 Следует отметить несколько моментов. Во-первых, числовые коды хромосом используется в выходных данных для представления X, Y, XY и MT. Во-вторых, гаплоидный хромосомы учитываются только один раз (т.е.е. мужские SNP X- и Y-хромосом и все SNP МТ). В-третьих, несколько генотипов были пропущены, если они не действительны (женский генотип Y, гетерозиготная гаплоидная хромосома). Поле NM представляет количество не пропавших без вести аллели для каждого SNP - это потому, что недопустимые генотипы автоматически устанавливается на отсутствующий. Мы можем увидеть, какие генотипы были пропущены, запустив - команда перекодирования; однако обычно PLINK сохраняет все генотипы при создании нового файла (т.е. если вы просто переформатируете файл, скажем из текстового в двоичный формат, менять какие-либо содержания; как указано выше, команды сводной статистики и анализа устанавливают эти генотипы автоматически пропадают).Однако, если мы также добавим флаг --set-hh-missing, любые недопустимые генотипы будут установлены на отсутствует в новом файле: plink --file test --set-hh-missing который создает новый файл PED plink.recode.ped 1 1 0 0 1 1 А А А А А А А А А А 2 1 0 0 1 1 С А 0 0 0 0 С А 0 0 3 1 0 0 2 1 А А А А 0 0 А А А А 4 1 0 0 2 1 В А В А 0 0 В А 0 0 Другими словами, актуальные аллели, на которые обращает внимание PLINK, показаны полужирным шрифтом , все аллели, не выделенные жирным шрифтом, игнорируются. 1 1 0 0 1 1 A A A A A A A A A A 2 1 0 0 1 1 A C A C A C A C A C 3 1 0 0 2 1 А А А А А А А А А А 4 1 0 0 2 1 A C A C A C A C A C Коды аллелей По умолчанию второстепенный аллель кодируется A1, а основной аллель кодируется A2 (это используется во многих выходных файлах, например.грамм. из --freq или --assoc). По умолчанию это основано на всех учредителях (если только --nonfounders) с указанием половых кодов (если --allow-no-sex добавлен). Этот код применяется с после любого другого применены фильтры. Иногда желательно предотвратить это автоматическое переворачивание аллелей A1 и A2 с помощью Опция --keep-allele-order. Например, если кто-то хочет сбросить количество генотипов с помощью команды --model для двух групп лиц (с помощью команды --filter), это гарантирует, что в grp1 всегда будет использоваться один и тот же минорный аллель.модель как grp2.model (которая может облегчить последующую обработку этих файлов, например). plink --bfile --filter pop.dat POP1 --model --keep-allele-order --out pop-1-genotypes plink --bfile --filter pop.dat POP2 --model --keep-allele-order --out pop-2-genotypes То есть для любого SNP, который имеет другой минорный аллель в POP1 по сравнению с POP2, вывод в двух файлах .model по-прежнему будет легко совпадать. транспонированные наборы файлов Другой возможный формат файла - транспонированный набор файлов, содержащий два текстовые файлы: один (TPED), содержащий информацию о SNP и генотипе, где одна строка SNP; один (TFAM), содержащий информацию о личности и семье, где одна строка индивидуальный.Первые 4 столбца файла TPED такие же, как и в стандартном файле MAP с 4 столбцами. затем все генотипы перечислены для всех индивидуумов для каждого конкретного SNP в каждой строке. TFAM Файл - это всего лишь первые шесть столбцов стандартного файла PED. Другими словами, мы только что взяли стандартный формат файла PED / MAP, но поменял местами всю информацию о генотипе между файлами, после поворота на 90 градусов. Для каждого из приведенных выше примеров набор файлов PED / MAP 1 1 0 0 1 1 А А Г Т 1 snp1 0 5000650 2 1 0 0 1 1 А С Т G 1 snp2 0 5000830 3 1 0 0 1 1 В C G G 4 1 0 0 1 2 А С Т Т 5 1 0 0 1 2 С С Г Т 6 1 0 0 1 2 С С Т Т будут представлены в виде файлов TPED / TFAM: 1 snp1 0 5000650 A A A C C C A C C C C C 1 1 0 0 1 1 1 snp2 0 5000830 G T G T G G T T G T T T 2 1 0 0 1 1 3 1 0 0 1 1 4 1 0 0 1 2 5 1 0 0 1 2 6 1 0 0 1 2 С таким форматом удобно работать, когда SNP намного больше. чем отдельные лица (т.е. Данные WGAS). В этом случае файл TPED будет очень длинным (т.к. в отличие от файла PED очень широкого). Чтобы прочитать транспонированный набор файлов, используйте команду plink --tfile mydata что подразумевает, что mydata.tped и mydata.tfam существуют; в качестве альтернативы, если файлы имеют разные названия, их можно указать индивидуально, полностью: plink --tped mydata.tped --tfam pedinfo.txt СОВЕТ Вы можете создавать транспонированные наборы файлов с параметр --transpose, описано в разделе управления данными Наборы файлов длинного формата Другой возможный формат файла, называемый набором файлов длинного формата, содержащий три текстовых файла: файл LGEN, содержащий генотипы (5 столбцов, по одной строке на генотип) файл MAP, содержащий SNP (4 столбца, одна строка на SNP) файл FAM, содержащий отдельных лиц (6 столбцов, по одной строке на человека) Файлы MAP и FAM / PED описаны в другом месте этой страницы.Рассмотрим следующий пример: MAP-файл test.map 1 снп2 0 2 2 снп4 0 4 1 снп1 0 1 1 снп3 0 3 5 снп5 0 1 как описано выше. FAM-файл test.fam 1 1 0 0 1 2 2 1 0 0 2 2 2 2 0 0 1 1 9 1 1 2 0 0 как описано ниже. Наконец, файл LGEN, test.lgen 1 1 snp1 А А 1 1 snp2 A C 1 1 снп3 0 0 2 1 snp1 А А 2 1 snp2 A C 2 1 снп3 0 0 2 1 snp4 А А 2 2 snp1 А А 2 2 snp2 A C 2 2 снп3 0 0 2 2 snp4 А А Столбцы в файле LGEN: семейный ID индивидуальный идентификатор snp ID аллель 1 этого генотипа аллель 2 этого генотипа Не все записи должны присутствовать в файле LGEN (например,грамм. snp5 или person 9/1) или snp4 для человека 1/1. Эти генотипы будут установлены на отсутствует внутри. Порядок также не должен быть таким же в LGEN. файл, как для файлов MAP или FAM. Если генотипов указано больше, чем один раз будет использована его окончательная версия. Файл LGEN можно переформатировать в стандартный файл PED с помощью следующая команда: plink —file test —recode который создает эти два файла: файл PED, plink.recode.map 1 1 0 0 1 2 А А А С 0 0 0 0 0 0 2 1 0 0 2 2 А А А С 0 0 А А 0 0 2 2 0 0 1 1 А А А С 0 0 А А 0 0 9 1 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 и файл MAP, пожалуйста.recode.map (примечание: он был помещен в геномный порядок) 1 снп1 0 1 1 снп2 0 2 1 снп3 0 3 2 снп4 0 4 5 снп5 0 1 ПРИМЕЧАНИЕ Все лица должны быть однозначно идентифицированы сочетанием семейного и индивидуального идентификаторов. Чтобы прочитать набор файлов большого формата, используйте команду plink —lfile mydata что подразумевает mydata.lgen, mydata.map и mydata.map существуют. ПРИМЕЧАНИЕ В настоящее время вы не можете выводить набор файлов в этом формат в PLINK. Дополнительные параметры для файлов длинного формата Если файл LGEN имеет определенные коды аллелей, но как TG вместо T G (т.е. без пробелов между два аллеля), добавьте флаг - составные генотипы Можно указать референсный аллель с помощью команда —reference при использовании файлового ввода длинного формата. Это может быть уместно, например, если файл данных содержит требует редких вариантов из исследования повторной последовательности. В этом случае большинство аллелей будут эталоном, и поэтому нет необходимости повторять Вот.Например, рассмотрим файл FAM f1.fam 1 1 0 0 1 1 2 1 0 0 1 1 3 1 0 0 1 1 4 1 0 0 1 1 5 1 0 0 1 1 6 1 0 0 1 1 и файл MAP f1.map 1 рс0001 0 1000001 1 рс0002 0 1000002 1 RS0003 0 1000003 и файл LGEN f1.lgen 1 1 RS0001 C C 2 1 рс0001 0 0 6 1 RS0003 C C 1 1 RS0002 G T 4 1 RS0002 T T 5 1 RS0002 G T затем plink —lfile f1 —recode дал бы файл plink.пед, который выглядит следующим образом: 1 1 0 0 1 1 С С Г Т 0 0 2 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 3 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 4 1 0 0 1 1 0 0 Т Т 0 0 5 1 0 0 1 1 0 0 G T 0 0 6 1 0 0 1 1 0 0 0 0 С С Если была указана ссылка на все для каждого варианта, например со следующей командой plink —lfile f1 —reference ref.txt —recode а файл ref.txt — rs0001 А rs0002 G rs0009 т тогда вывод plink.ped будет читать: 1 1 0 0 1 1 С С Т Г 0 0 2 1 0 0 1 1 0 0 G G 0 0 3 1 0 0 1 1 А А Г Г 0 0 4 1 0 0 1 1 А А Т Т 0 0 5 1 0 0 1 1 А А Т Г 0 0 6 1 0 0 1 1 А А Г Г В С То есть неуказанные генотипы для первых двух SNP теперь гомозиготный по референсному аллелю.Обратите внимание слово ссылка используется в контексте генома человека эталонный аллель, а не для расчета отношения шансов. В команда для установки последнего —reference-allele {file} Также обратите внимание, что в этом примере: а) когда человек явно пропущен в файл LGEN, они остаются отсутствующими, б) что, если референсный аллель не установлен, то неуказанные генотипы отсутствуют (например, третий SNP, rs0003), c) что SNP в ссылочный файл, которого нет в наборе данных (например,грамм. rs0009) игнорируются. При чтении файла длинного формата команда --allele-count при указании вместе с —reference позволяет данным быть в форме количества нереференсные аллели. Например, если входной файл LGEN был 1 1 RS0001 0 2 1 RS0001 1 3 1 RS0001 2 4 1 RS0001 -1 5 1 RS0001 9 6 1 RS0001 X это должно привести к тому, что первые три человека будут иметь эталонная гомозигота (0 нереференсных аллелей), гетерозигота (1 нереференсный аллель) и нереференсная гомозигота (2 нереференсные аллели).Последние три человека (FID 4-6) все установлен на отсутствующий: это просто указывает, что любое значение, кроме 0, 1 или 2 по этой схеме устанавливается отсутствующий генотип. Если только справочный файл содержит единственный аллель для этого SNP, тогда кодируется нереференсный аллель как все, что есть в эталонном аллеле, плюс добавленный символ v, например просто учитывая этот один SNP: 1 1 0 0 1 1 А А 2 1 0 0 1 1 А Ср. 3 1 0 0 1 1 ср. Ср. 4 1 0 0 1 1 0 0 5 1 0 0 1 1 0 0 6 1 0 0 1 1 0 0 Однако, если эталонный файл содержит два аллеля, то второй считается нереференсным аллелем, е.грамм. если ref.txt rs0001 A G тогда вывод будет читать 1 1 0 0 1 1 А А 2 1 0 0 1 1 А Г 3 1 0 0 1 1 Г Г 4 1 0 0 1 1 0 0 5 1 0 0 1 1 0 0 6 1 0 0 1 1 0 0 Двоичные файлы PED Для экономии места и времени вы можете создать бинарный файл ped (* .bed). это сохранит информацию о родословной / фенотипе в отдельном файле (* .fam) и создайте расширенный файл MAP (* .bim) (который содержит информацию об именах аллелей, которые в противном случае были бы потеряны в BED файл).Для создания этих файлов используйте команду: plink —file mydata —make-bed который создает (по умолчанию) plink.bed (двоичный файл, информация о генотипе) plink.fam (первые шесть столбцов mydata.ped) plink.bim (расширенный файл MAP: два дополнительных столбца = имена аллелей) Файлы .fam и .bim по-прежнему являются текстовыми файлами: их можно просмотреть в стандартном текстовом редакторе. Не пытайтесь просмотреть однако файл .bed: это сжатый файл, и вы видеть только много странных персонажей на экране… ПРИМЕЧАНИЕ Не вносите никаких изменений ни в один из этих трех файлов; например установка позиция с отрицательным значением не будет работать, чтобы исключить SNP для двоичных файлов Вы можете указать другое имя выходного корневого файла (т.е. отличное от «plink») используя параметр —out: plink —file mydata —out mydata —make-bed который создаст mydata.bed mydata.fam mydata.bim Чтобы впоследствии загрузить двоичный файл, просто используйте вместо этого —bfile из —file plink —bfile mydata При создании двоичного файла ped используются фильтры MAF и отсутствия установлен для включения всех и всех SNP.Если вы хотите их изменить, используйте —maf, —geno и т. д., чтобы указать их вручную варианты: например, plink —file mydata —make-bed —maf 0,02 —geno 0,1 Подробнее … Если вы хотите написать свой собственный программное обеспечение, которое использует формат файла BED, следуйте инструкциям эта ссылка для получения дополнительной информации о спецификации. Файлы альтернативного фенотипа Чтобы указать альтернативный фенотип для анализа, то есть отличный от указанного в файл * .ped (или, если используется двоичный набор файлов, *.fam файл) используйте — вариант фено: plink —file mydata —pheno pheno.txt где pheno.txt — файл, содержащий 3 столбца (по одной строке на физическое лицо): Семейный ID Индивидуальный идентификатор Фенотип Исходный файл PED должен по-прежнему содержать фенотип в столбце 6 (даже если это фиктивный фенотип, например все отсутствует), если только — установлен флаг no-pheno. Если человек есть в исходном файле, но не указан в альтернативный файл фенотипа, фенотип этого человека будет установлен на отсутствует.Если человек находится в файле альтернативного фенотипа, но не в файле исходный файл, эта запись будет проигнорирована. Порядок замены файл фенотипа не обязательно должен совпадать с исходным файлом. Если файл фенотипа содержит более одного фенотипа, тогда используйте параметр —mpheno N для указания фенотипа Nth тот, который будет использоваться: plink —file mydata —pheno pheno2.txt —mpheno 4 где pheno2.txt содержит 5 различных фенотипов (т.е. 7 столбцов), эта команда будет использовать 4-й для анализа (фенотип D): Семейный ID Индивидуальный идентификатор Фенотип А Фенотип B Фенотип C Фенотип D Фенотип E В качестве альтернативы ваш файл альтернативного фенотипа может иметь строку заголовка, и в этом случае вы можете использовать имена переменных, чтобы указать, какой фенотип использовать.Если у вас есть строка заголовка, первые две переменные должен иметь маркировку FID и IID. Все последующие в именах переменных не должно быть пробелов. Например, Сайт FID IID qt1 bmi F1 1110 2,3 22,22 2 F2 2202 34,12 18,23 1 ... затем plink —file mydata —pheno pheno2.txt —pheno-name bmi —assoc выберет второй фенотип, помеченный как «bmi», для анализа Наконец, если существует более одного фенотипа, то для базовых ассоциативных тестов это можно указать, что все фенотипы будут проверяться последовательно с отправкой выходных данных в разные файлы: e.грамм. если bigpheno.raw содержит 10 000 фенотипов, то plink —bfile mydata —assoc —pheno bigpheno.raw —all-pheno будет перебирать все это по очереди, проверяя связь с SNP, генерируя много выходных данных. Вы можете использовать команда —pfilter в этом случае, чтобы сообщать только результаты с p-значением меньше определенного значения, например —pfilter 1e-3. ПРЕДУПРЕЖДЕНИЕ В настоящее время все фенотипы должны быть с числовым кодом, включая пропущенные значения, в альтернативном файл фенотипа.По умолчанию отсутствует значение -9, измените это с —missing-phenotype, но это должно быть числовое значение еще (в отличие от основного фенотипа в файле PED / FAM) . Автоматическое создание нового бинарного фенотипа Для автоматического формирования бинарного фенотипа «один против другого» (примечание: двоичное значение здесь дихотомично, а не файл BED / двоичный-PED) из файла категориальной ковариаты / фенотипа используйте команду plink —bfile mydata —make-pheno site.cov SITE3 —assoc который предполагает файл сайт.cov содержит ровно три поля Семейный ID Индивидуальный идентификатор Код, из которого создается фенотип Например, если бы это было A1 1 САЙТ1 B1 1 САЙТ1 C1 1 САЙТ2 D1 1 САЙТ3 E1 1 САЙТ3 F1 1 САЙТ4 G2 1 САЙТ4 то приведенная выше команда сделает людей D1 и E1 как случаев а все остальные, как , контролируют . Однако, если в mydata не были указаны в site.cov, то у этих людей будет установлен отсутствующий фенотип.Альтернативная спецификация — использовать символ * вместо значения, например plink —bfile mydata —make-pheno p1.list * —assoc который предполагает файл p1.list содержит ровно два поля Семейный ID Индивидуальный идентификатор В этом случае любой участник файла p1.list будет рассматриваться; все остальные лица в mydata но не в p1.list будет установлен как элемент управления. «Связь петли»: автоматическое тестирование каждой группы по сравнению со всеми остальными У вас может быть категориальный фактор, который группирует людей (например,грамм. какую тарелку они были генотипированы или из какого образца) и хотите проверить, есть ли — различия частот аллелей между каждой группой и всеми остальными. Это может быть выполняется с помощью команды —loop-assoc, например ./plink —bfile mydata —loop-assocplate.lst —assoc Файл plate.lst должен быть в том же формате, что и файл кластера, хотя разрешено иметь только одну переменную (т.е. 3 столбца, FID, IID и переменную кластера). Если бы это было 10001 1 P1 10002 1-я 1 10003 1 P2 10004 1 P2 10005 1 P3 10006 1 P3 ... Эта команда проверяет всех лиц P1 на все другие, затем все лица P2 против всех остальных и т. д. Любые основных тестов ассоциации SNP на заболевания вместо —assoc (например, —fisher, —test-missing, — логистика и т. д.). Вывод записывается в разные файлы для каждая группа, например в формате outputname. {label} .extension plink.P1.assoc plink.P2.assoc plink.P3.assoc ... Файлы Covariate Некоторые команды PLINK поддерживают включение одного или нескольких ковариаты.Обратите внимание, что для стратифицированного анализа, а именно с использованием CMH (—mh), страты указываются с помощью параметр —within для определения кластеров, а не —covar. Чтобы загрузить ковариату, используйте опцию: plink —file mydata —covar c.txt Файл ковариант должен быть отформатирован аналогично файл фенотипа. Если индивидуума нет в файле ковариаты, или если у человека отсутствует значение фенотипа (т.е. -9 на по умолчанию) для ковариаты, то для этого индивидуума устанавливается значение отсутствует (я.е. будут исключены из анализа ассоциации). Чтобы выбрать конкретное подмножество ковариат, используйте один из следующих команды, которые используют числа или имена (например, если строка заголовка существует в файле), plink —file mydata —covar c.txt —covar-number 2,4-6,8 или plink —file mydata —covar c.txt —covar-name AGE, BMI-SMOKE, ALC Обратите внимание, что диапазоны могут использоваться в обоих случаях, с символ — дефис, например если бы первая строка была FID IID ВОЗРАСТ САЙТА Дата рождения BMI ETH СТАТУС ДЫМА ALC тогда обе приведенные выше команды будут иметь одинаковый эффект, т.е.е. выбор ВОЗРАСТА, BMI, ETH, SMOKE, ALC. Для вывода нового файла ковариант, возможно, с категориальными переменными преобразованные в двоичные фиктивные переменные, используйте параметр —write-covar как описано здесь Исключение Если используется команда —gxe, это выбирает только одну ковариату, затем используйте команда —mcovar, которая работает аналогично —mpheno чтобы выбрать, какую единственную ковариату использовать: с параметром —gxe команда, параметры —covar-name и —covar-number не будет работать. ПРИМЕЧАНИЕ Не все команды принимают ковариаты, и PLINK не всегда выдает ошибку или предупреждение.Основная ассоциация (—assoc, —mh, —model, —tdt, —dfam и —qfam) не принимают ковариаты, и основные методы ассоциации гаплотипов (—hap-assoc, —hap-tdt). Среди команд, которые делают — линейные, —логистические, —chap и —proxy-glm. Также —gxe принимает одиночный только ковариант (остальные, перечисленные здесь, принимают несколько ковариат). Кластерные файлы Чтобы загрузить кластерное решение или любую категориальную группировку выборки, используйте параметр —within: plink —file mydata — внутри f.текст Если используется эта опция, то перестановка процедуры будут переставляться только внутри кластера, эффективно контролировать любой эффект членства в кластере. Так же, тесты, выполняющие стратифицированный анализ, такие как Cochran-Mantel-Haenszel, это опция используется для определения страт. Этот файл должен иметь структуру, аналогичную альтернативному фенотипу. файл. Кластеры могут быть закодированы численно или в виде строк: F1 I1 A F2 I1 B F3 I1 B F4 I1 C1 F5 I1 A F6 I1 C2 F7 I1 C2 ... Здесь люди будут сгруппированы в четыре группы: Кластер A: F1 / I1 F5 / I1 Кластер B: F2 / I1 F3 / I1 Кластер C1: F4 / I1 Кластер C2: F6 / I1 F7 / I1 ... Все лица в файле должны быть отнесены к одному кластеру в файл кластера. Набор файлов Некоторые анализы (например, тесты на основе наборов) требуют, чтобы наборы SNP были указано. Это выполняется включением опции —set в командной строке, за которым следует имя файла, определяющего наборы.В файл mydata.set должен быть в следующем формате: SET_A rs10101 rs20234 rs29993 КОНЕЦ GENE-B rs2344 rs888833 КОНЕЦ То есть каждый набор должен начинаться с имени набора (например, SET_A), которое может быть, например, именем гена. Это имя не может содержать пробелов. За именем следует список SNP в этом наборе. Ключевое слово END указывает конец этого конкретного набора. Не назовите любые SNP так, чтобы они имели имя END! Наборы могут перекрываться.Любые SNP, указанные в наборе, которые не отображаются в фактических данных или которые были исключены из-за использованных фильтров, будут игнорировать. Формат гибок с точки зрения того, отображается ли каждый элемент в одной строке: файл набора должен быть разделен пробелами. Например, файл выше может быть указан как: SET_A rs10101 rs20234 rs29993 КОНЕЦ GENE-B rs2344 rs888833 КОНЕЦ ПОДСКАЗКА Можно автоматически создать установочный файл с учетом списка геномных координат, используя —make-set команда, описанная здесь.Чтобы извлечь подмножество наборов из файла набора, используйте —subset в дополнение к —set. Например, —set mydata.set —subset extract.txt где extract.txt — текстовый файл с заданными вами именами извлекать, например SET_A или GENE-B в этом примере.

        .

        % PDF-1.3
        %
        196 0 объект
        >
        endobj

        xref
        196 73
        0000000016 00000 н.
        0000002773 00000 н.
        0000003264 00000 н.
        0000003393 00000 н.
        0000003415 00000 н.
        0000003795 00000 н.
        0000003928 00000 н.
        0000003976 00000 н.
        0000004432 00000 н.
        0000004570 00000 н.
        0000005426 00000 п.
        0000006273 00000 н.
        0000006342 00000 п.
        0000006391 00000 п.
        0000006502 00000 н.
        0000007870 00000 п.
        0000045506 00000 п.
        0000045729 00000 п.
        0000045918 00000 п.
        0000046297 00000 п.
        0000088733 00000 п.
        0000088962 00000 н.
        0000089156 00000 п.
        0000089596 00000 п.
        0002972657 00000 п.
        0002973513 00000 п.
        0002973582 00000 п.
        0002973631 00000 п.
        0002973742 00000 п.
        0002975110 00000 п.
        0002975158 00000 п.
        0002978651 00000 п.
        0002979507 00000 п.
        0002979576 00000 п.
        0002979625 00000 п.
        0002979736 00000 п.
        0002981104 00000 п.
        0002981152 00000 п.
        0002984812 00000 н.
        0002985668 00000 п.
        0002985737 00000 п.
        0002985786 00000 п.
        0002985897 00000 п.
        0002987265 00000 п.
        0002987313 00000 п.
        0002990990 00000 н.
        0002991062 00000 п.
        0002991137 00000 п.
        0002991208 00000 н.
        0002991252 00000 п.
        0002991349 00000 п.
        0002991392 00000 п.
        0002991483 00000 п.
        0002991526 00000 н.
        0002991615 00000 н.
        0002991658 00000 н.
        0002991781 00000 п.
        0002991824 00000 н.
        0002991919 00000 н.
        0002991997 00000 н.
        0002992086 00000 н.
        0002992129 00000 п.
        0002992218 00000 н.
        0002992261 00000 н.
        0002992304 00000 п.
        0002992422 00000 н.
        0002992465 00000 н.
        0002992599 00000 н.
        0002992642 00000 п.
        0002992762 00000 н.
        0002992805 00000 н.
        0002992848 00000 н.
        0000001756 00000 н.
        трейлер
        ] / Назад 7644618 >>
        startxref
        0
        %% EOF

        268 0 объект
        > поток
        h ެ TaLSW = k; iZLeHEGeiF8Q @ u + SWpMTMV 谺! cWV) i @ ~ L- ~ — / yrsOλP @ (n @ Ѐ

        O5KBx ‘+ ۸% K1Tt @ ~ uBʫX’ * DXh @] U;) Un, ޏ tl, oqNkum \ [u9 ۺ 7 㑖 ؙ k mj ك} پ hj8: f7_Yw ֗ ܃٦% ޑ Ge #} iy ֟ / פ & hTXg ŤX d [=腌 ̫΀
        е, OS ٶ (01 пТ {р].p | ֶ) & ki ݭ Y ױ \ NюfJDqx $ qWo / & ܺ iMooW / q {I} yKk-W Z ‘* |,

        .